Der Nachweis der FSME RNA mit PCR aus einer Blutprobe gelingt am besten in der ersten Phase einer FSME Virus Infektion (unspezifisch-febrile Erkrankung nach Zeckenstich, mit Thrombo- und Leucopenie). Der Nachweis im Liquor ist kaum, in der Hirnbiopsie häufiger möglich. Siehe auch ‚FSME IgG Liquor-Serum Index.